全书按编年体记事,共8卷。作为战争的亲历者,修昔底德详细地记录了伯罗奔尼撒战争事件,并分析了这场战争的原因和背景。

全书被后世学者分为8卷,严格按时间顺序展开史事,各卷之间保持着必然的联系。第一卷开头有一个序言,阐明作者的写作动机、方法,接着勾勒了战前希腊历史的轮廓,追溯了雅典人与拉栖代梦人之间矛盾的发展过程;第二、三、四卷至第五卷第24节,记载战争的前10年(所谓“阿奇达姆斯战争”),即自战争爆发至“尼基阿斯和约”的签订;第五卷第25~116节叙述“尼基阿斯和约”的签订至西西里远征,即所谓“和平”时期的史事;第六、七两卷叙述西西里远征始末;第八卷叙述战争最后阶段,即狄凯里亚战争和伊奥尼亚战争。按修昔底德自己的计划,他的历史著作将一直写到公元前404年雅典长城被拆毁和比雷埃夫斯港被占领为止。但是他的著作只写到公元前411年冬天,就突然中断了,最后一句话也是不完整的,说明他的著作尚未完成。